본 연구는 2단계 재정분권 추진이 지방자치단체의 재정에 미치는 영향을 분석하고 그 영향을 최소화할 수 있는 방안을 모색하는 데 목적이 있다. 이를 위해 2단계 재정분권 추진 방안을 잠정적으로 상정하고 그것이 지방의 세수・세입 및 재정 형평화에 미치는 영향을 분석하였다. 그 결과는 다음과 같다. 첫째, 지방교육의 재정 중립은 달성 가능하지만, 중앙과 지방 간 재정 중립은 달성이 어렵다. 둘째, 지방세수는 광역보다는 기초에서 더 많이 증가하고, 지방세입은 광역에서는 감소하고 기초에서는 증가한다. 다만 지방소비세 증가분의 일부를 재원으로 하는 ‘기금’을 운용하거나 그 ‘기금’ 규모를 늘릴수록 광역의 세입 감소 규모를 줄일 수 있다. 셋째, 기초자치단체 간 세수 불균형은 완화되지만 광역자치단체 간 세수 불균형은 심화된다. 시・군을 제외하면 나머지 자치단체 간 세입 불균형은 완화된다. 넷째, 세입이 감소하는 자치단체가 발생하며, 그 감소액은 ‘기금’ 운용 규모가 커질수록 크게 줄어든다. 이러한 분석결과에 따르면 2단계 재정분권 추진 시 고려해야 할 사항으로 다음을 제시할 수 있다. 첫째, 지방재정 중립보다는 순증을 전제로 구체적인 방안을 마련할 필요가 있다. 둘째, 지방소비세 인상분을 광역과 기초 간 공동세로 운영하는 경우 그 구체적인 운영 방식에 대한 상세한 논의가 필요하다. 셋째, 기능 재배분 관련 대상 사업 목록 및 이양 방식의 구체화는 물론, 그에 따른 자치단체 수준의 재정 부담 변화 분석이 요구된다. 넷째, 기능 재배분에 따른 재정 부담 변화를 최소화하기 위한 방안으로 지방소비세 증가분의 일정 비율을 재원으로 하는 ‘기금’ 설치 및 그 운용 방안에 대한 검토가 필요하다. 다섯째, 순세입이 감소하는 자치단체에 대한 재원 보전 대책을 마련할 필요가 있다. 마지막으로 기초자치단체의 순세입 증가분을 이용하여 전환사업보전계정 중 시・군・구 계정을 점진적으로 대체하는 방안을 모색할 필요가 있다.