2013년까지 법인세분 지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 하여 10%세율로 부과하는 부가세(surtax)형태의 방식이었다가 2014년부터 별도의 과세표준에 누진세율을 적용하는 독립세 형태로 전면 개정되었다. 이때부터 법인지방소득세로 명칭이 변경되고 지방재정확충이라는 목적하에 개인과는 달리 법인의 경우 모든 감면과 공제 혜택을 지방세특례제한법에서 일체 두지 않았으며 개정시 법률불소급의 원칙상 부칙에 일반적 경과조치규정을 두었다.

구 지방세법에서 법인세액을 과세표준으로 계산하던 당시에 구 조세특례제한법상 세액공제･감면이 법인세분 지방소득세에서도 감면의 혜택이 있었으나 개정된 이후 감면혜택이 없어졌다. 그런데 문제는 개정되기 전 이미 공제･감면금액이 확정되었으나 최저한세 또는 결손금으로 인해 당해 연도에 공제받지 못하고 이월공제 되는 금액에 대해서도 개정세법에 의해 공제･감면이 제외되어야 하는지 아니면 부칙 제15조(2014. 1. 1. 법률 제12153호) 일반적 경과조치 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”에서 말하는 종전의 규정으로 해석하여 2014년 이후 법인지방소득세에서 감면을 해주어야 하는지가 다툼이 되었고 현재 고등법원에서 상반된 판결이 나와 대법원 심리중에 있다.

쟁점은 크게 두 가지 이다. 첫째, 부칙 제15조 일반적 경과조치에서 말하는 ‘종전의 규정’의 범위에 대한 해석, 둘째, 2014년 개정되기 전 납세자가 지출한 연구비 등이 5년간 이월공제 된다는 법률규정에 대한 신뢰가 법적으로 보호받을 수 있는지가 쟁점이다.

쟁점에 대해 판례를 통해 2014년 개정 당시 입법적 미비라고 볼 수 있으며 특히나 법인지방소득세처럼 부가세(surtax)방식에서 독립세 방식으로의 개정은 특별한 경우에 해당되며 이는 조세법률주의의 예외라고 볼 수 있으므로 ‘종전의 규정’에 대한 해석을 단지 문언대로 해석할 것이 아니다. 또한 공익을 우선시하면 납세자의 기본권이 침해될 수 있으므로 이번 다툼의 두 번째 쟁점인 납세자의 신뢰보호가치 여부를 헌법재판소의 신뢰보호원칙 판단기준을 들어 생각해보았다. 이러한 신뢰이익의 판단기준으로 “법령개정의 예측성”과 “유인된 신뢰의 행사 여부”를 주된 기준으로 삼아 납세자의 신뢰는 마땅히 보호받아야 한다는 결론에 이르렀다.

이렇듯 입법 개정에 있어서 입법자의 목적도 중요하지만 입법적 미비가 있는 경우 공익을 우선시 하면 입법자의 무제한의 법률개정에 의한 소급적 법규범의 가능성을 열어주게 되며 이는 납세자의 기본권 침해로 이루어진다. 따라서 이러한 면에서 법을 신뢰한 납세자의 행위는 보호되어져야 하며 결과적으로 해당 다툼에 있어 감면이 이루어져야 할 것이다.