2020년부터 납세의무자 및 특별징수의무자는 개인지방소득세를 지방자치단체에 신고납부해야 한다. 이러한 전환 시점을 맞이하여 새로 운영되는 제도를 평가하고, 향후 바람직한 운영방향에 대해 검토해 볼 필요가 있다. 특히, 지방소득세는 특별징수방식을 취하는 다른 지방세 세목들과 달리 국가 또는 지방자치단체가 아닌 소득세·법인세 원천징수의무자가 특별징수의무를 부담한다는 점을 감안하여 개인지방소득세의 독립세 전환과 특별징수의무자의 부담의 변화에 대해서도 검토해 볼 필요가 있다. 이를 위해, 현행 개인지방소득세 지방자치단체 신고제도를 분석하고, 개인지방소득세 특별징수의무자의 납부책임 변화를 분석했다. 그 결과 특별징수의무자의 협력의무는 증가했다. 동일한 과세표준을 공유하고 종전의 세율과 달라지지 않아 원천징수의무자 입장에서는 징수세액의 큰 변화는 없고, 원천징수와 특별징수에 대한 신고납부를 각각 다른 과세권자에게 별도로 이행함으로써 연말정산을 비롯한 중복적 성격의 신고납부 절차가 늘어났다. 또한 과세표준이 동일하기 때문에 원천징수제도의 문제점이 지방소득세 특별징수제도에서도 그대로 나타날 것이라 예상한다. 원천징수제도와 같이 법령해석과 입법보완이 이뤄지겠지만, 그러한 법률 및 해석의 보완이 있기 전까지 특별징수의무자의 예측가능성은 떨어진다고 할 수 있다. 특별징수가 잘못된 경우 특별징수의무자의 책임범위를 살펴본 결과 원천징수가 잘못된 경우와 책임범위가 거의 동일할 것으로 예상된다. 그러나 현행 지방세법상 특별징수세액이 미납 또는 과소납부되는 경우 그 부족분세액을 특별징수의무자로부터 징수하는지 여부가 불분명하다. 따라서 지방세법 제100조에 이를 명확히 규정하는 조항을 신설할 필요가 있다. 지방분권과 재정분권을 위해 개인지방소득세 신고제도를 지속적으로 발전시켜 나갈 필요가 있으며, 다만 그 과정에서 특별징수의무자의 부담을 점점 증가시키는 것은 바람직하지 않으며, 특별징수의무자의 부담을 감소시키기 위한 방안들을 함께 마련해야 할 것이다.