건설자금이자가 취득가액에 포함되는지 여부는 취득세의 과세표준 혹은 소득금액 계산상 필요경비를 다르게 결정하게 되어, 결과적으로는 세부담 증감에 직접적인 영향을 미친다. 취득세를 규정하는 지방세법과 양도소득세를 규정하는 법인세법 및 소득세법의 입법 취지가 서로 다르고, 개별세법은 고유한 정책적 목적 등에 따라 규정될 수 있다는 점을 고려하여 볼 때, 개별세법에서 취득가액 관련 규정을 모두 동일하게 두어야 한다고 할 수는 없다. 하지만, 개별세법 규정의 목적 등을 고려하더라도 그것을 달리 규정할 특별한 이유가 있지 아니하다면, 개별세법 규정은 통일성을 유지하는 것이 바람직하다. 개별세법상 그 규정을 달리 정하여야 할 특별한 이유가 있는 경우라면, 그것을 해석하는 논리는 일관되고 합목적적이어야 할 것이다. 개별세법에서 시의적절하고 구체적인 규정을 마련하고 있지 못한 상황 하에서는 공정･타당한 기업회계기준 규정을 보충적으로 적용함으로써 보다 합리적인 과세체계의 기반을 마련할 수 있다.

지방세법은 건설자금에 충당한 차입금의 이자와 관련한 구체적인 규정을 두고 있지 않으므로, 일반적으로 공정･타당하다고 인정되는 기업회계기준을 보충적으로 적용･해석하여야 할 것이다. 하지만 기업회계기준을 보충적으로 적용하는 경우 개별 기업이 따르는 한국채택국제회계기준(K－IFRS), 일반기업회계기준 등의 회계기준에 따라 취득세의 과세표준이 달라질 수 있는 문제가 있다. 취득 단계에서의 취득가액, 즉 취득세의 과세표준은 과세대상 물건을 취득하는 과정에서의 적절한 담세력을 측정하는 수단이라고 할 수 있다. 취득세 과세대상 물건에 대한 건설자금이자를 취득가액에 가산한다는 것은 취득 과정에서의 담세력이 증가한 것으로 본다는 의미인데, 건설자금이자의 발생 사실이 취득 과정에서의 담세력과 대응되지는 않는 것으로 판단된다. 따라서 건설자금이자가 취득세의 과세표준을 변동시키는 요인으로 작용하지 않도록 관련 규정을 개선하는 것이 바람직할 것이다. 하지만 현행 지방세법에서는 취득가액에 포함되는 간접비용으로 건설자금이자를 규정하고 있으므로, 이를 전제로 한다면, 과세대상 자산 취득과의 관련성 측면, 형식상 이자비용의 실질 측면, 수직적 형평성과 수평적 형평성 측면, 기업회계기준의 보충적 적용 측면에서 고려하여 볼 때, 공사 중단기간동안 발생한 건설자금이자는 취득세의 과세표준에 포함하지 않는 것이 합리적일 것이다.